GEO单个数据集批次效应
GEO数据集 批次效应处理 求助
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最近在学习GEO表达谱芯片数据处理，单个数据集（肿瘤组vs正常组织）寻找差异基因。
目前流程如下：下载cel文件，提取表达数据，rma标准化，批次效应去除。
遇到的问题：combat去除批次效应后PCA图没有明显变化，但是后续差异基因分析差别很大，不去除批次效应的差异基因有1200多个，combat后的有800多个，这是为什么，我应该用哪个矩阵数据继续做差异基因分析？求小伙伴们大神们帮助一下我这个菜鸟，感激不尽！
我理解批次效应是时间
去除批次效应的代码如下
去除前的pca图
去除后的pca图
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