背景意义

研究背景与意义

脊椎作为人类和许多动物的关键结构,不仅在运动中起着支撑作用,还在保护脊髓和神经系统方面具有重要意义。随着医学影像技术的快速发展,脊椎疾病的早期诊断和治疗变得愈发重要。传统的脊椎影像分析方法往往依赖于人工标注和经验判断,效率低下且容易受到主观因素的影响。因此,基于计算机视觉的自动化脊椎实例分割技术应运而生,成为提高脊椎疾病诊断精度和效率的重要手段。

本研究旨在开发一种基于改进YOLOv11的脊椎实例分割系统,以实现对脊椎影像的自动化分析。该系统将利用一个包含2300幅图像的数据集,数据集中包含两个类别的标注,主要针对脊椎的实例进行分割。通过对数据集的深入分析与处理,我们将应用YOLOv11模型进行训练,以提高脊椎实例分割的准确性和实时性。YOLOv11作为一种先进的目标检测算法,具有较高的检测速度和精度,适合在医疗影像分析中应用。

在实际应用中,脊椎实例分割系统不仅可以帮助医生快速识别和定位脊椎病变,还可以为后续的治疗方案提供数据支持。此外,随着深度学习技术的不断进步,基于改进YOLOv11的实例分割方法将为脊椎影像分析提供新的思路和技术手段,推动医学影像学的发展。因此,本研究具有重要的学术价值和实际应用意义,能够为脊椎疾病的早期诊断和治疗提供有效的技术支持。

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数据集信息

本项目数据集信息介绍

本项目所使用的数据集以“DB_E”为主题,旨在为改进YOLOv11的脊椎实例分割系统提供强有力的支持。该数据集包含了两类主要的对象,分别为“0”和“object”,共计两个类别。这种简洁的类别设置不仅有助于提高模型的训练效率,也使得模型在处理脊椎实例分割任务时能够更加专注于关键特征的提取与识别。

数据集中的图像经过精心挑选与标注,确保涵盖了脊椎的多种形态与结构特征。每一幅图像都经过专业人员的审核与标注,确保数据的准确性与可靠性。这些图像不仅展示了脊椎的不同解剖位置,还涵盖了多种拍摄角度与光照条件,以增强模型的泛化能力。数据集的多样性使得训练出的模型能够在实际应用中更好地适应不同的场景与条件,从而提升脊椎实例分割的准确性与鲁棒性。

此外,数据集的设计考虑到了脊椎实例分割的特定需求,确保了标注的细致与全面。通过对脊椎的精确标注,模型能够学习到更为细腻的特征,从而在实例分割任务中表现出色。数据集的构建不仅为模型的训练提供了丰富的样本,也为后续的模型评估与优化奠定了坚实的基础。

综上所述,DB_E数据集的构建与应用将为改进YOLOv11的脊椎实例分割系统提供强有力的支持,助力于实现更高效、更精准的脊椎医学影像分析。通过对该数据集的深入研究与应用,期望能够推动脊椎实例分割技术的发展,为相关领域的研究与临床应用提供重要的参考与借鉴。
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核心代码

以下是经过简化和注释的核心代码部分,主要包含了选择性扫描的实现逻辑:

import torch
import torch.nn.functional as F

def selective_scan_easy(us, dts, As, Bs, Cs, Ds, delta_bias=None, delta_softplus=False, return_last_state=False, chunksize=64):
“”"
选择性扫描函数,计算输入序列的状态和输出。

参数:
us: 输入序列,形状为 (B, G * D, L)
dts: 时间增量,形状为 (B, G * D, L)
As: 状态转移矩阵,形状为 (G * D, N)
Bs: 输入权重,形状为 (B, G, N, L)
Cs: 输出权重,形状为 (B, G, N, L)
Ds: 偏置项,形状为 (G * D)
delta_bias: 可选的偏置增量,形状为 (G * D)
delta_softplus: 是否对 dts 应用 softplus
return_last_state: 是否返回最后的状态
chunksize: 处理的块大小
"""

def selective_scan_chunk(us, dts, As, Bs, Cs, hprefix):
    """
    处理一个块的选择性扫描逻辑。
    
    参数:
    us: 输入序列块
    dts: 时间增量块
    As: 状态转移矩阵
    Bs: 输入权重块
    Cs: 输出权重块
    hprefix: 前一个状态
    """
    ts = dts.cumsum(dim=0)  # 计算时间增量的累积和
    Ats = torch.einsum("gdn,lbgd->lbgdn", As, ts).exp()  # 计算状态转移的指数
    rAts = Ats  # 归一化状态转移
    duts = dts * us  # 计算加权输入
    dtBus = torch.einsum("lbgd,lbgn->lbgdn", duts, Bs)  # 计算输入权重
    hs_tmp = rAts * (dtBus / rAts).cumsum(dim=0)  # 计算当前状态
    hs = hs_tmp + Ats * hprefix.unsqueeze(0)  # 更新状态
    ys = torch.einsum("lbgn,lbgdn->lbgd", Cs, hs)  # 计算输出
    return ys, hs

# 数据类型和形状处理
dtype = torch.float32
dts = dts.to(dtype)
if delta_bias is not None:
    dts = dts + delta_bias.view(1, -1, 1).to(dtype)
if delta_softplus:
    dts = F.softplus(dts)

# 确保 Bs 和 Cs 具有正确的形状
if len(Bs.shape) == 3:
    Bs = Bs.unsqueeze(1)
if len(Cs.shape) == 3:
    Cs = Cs.unsqueeze(1)

B, G, N, L = Bs.shape
us = us.view(B, G, -1, L).permute(3, 0, 1, 2).to(dtype)
dts = dts.view(B, G, -1, L).permute(3, 0, 1, 2).to(dtype)
As = As.view(G, -1, N).to(dtype)
Bs = Bs.permute(3, 0, 1, 2).to(dtype)
Cs = Cs.permute(3, 0, 1, 2).to(dtype)
Ds = Ds.view(G, -1).to(dtype) if Ds is not None else None

oys = []  # 存储输出
hprefix = us.new_zeros((B, G, D, N), dtype=dtype)  # 初始化前一个状态
for i in range(0, L, chunksize):
    ys, hs = selective_scan_chunk(
        us[i:i + chunksize], dts[i:i + chunksize], 
        As, Bs[i:i + chunksize], Cs[i:i + chunksize], hprefix
    )
    oys.append(ys)
    hprefix = hs[-1]  # 更新前一个状态

oys = torch.cat(oys, dim=0)  # 合并输出
if Ds is not None:
    oys = oys + Ds * us  # 添加偏置项
oys = oys.permute(1, 2, 3, 0).view(B, -1, L)  # 调整输出形状

return oys.to(us.dtype) if not return_last_state else (oys.to(us.dtype), hprefix.view(B, G * D, N).float())

代码注释说明:
函数参数:详细描述了每个参数的含义和形状。
内部函数:selective_scan_chunk 用于处理输入块的选择性扫描逻辑,计算当前状态和输出。
数据处理:包括数据类型转换、形状调整等,确保输入数据符合预期格式。
输出合并:将所有块的输出合并,并处理偏置项。
此代码是选择性扫描的核心实现,能够处理序列数据并计算相应的状态和输出。

这个程序文件 test_selective_scan_easy.py 主要实现了一个名为 selective_scan_easy 的函数,该函数用于执行选择性扫描操作,通常在序列建模或动态系统中使用。文件中包含了对该函数的实现、相关的类、辅助函数以及测试用例。

首先,文件导入了一些必要的库,包括 torch(用于深度学习计算)、pytest(用于测试)、einops(用于张量重排)等。接着,定义了一个名为 selective_scan_easy 的函数,它接受多个参数,包括输入序列 us、时间增量 dts、矩阵 As、Bs、Cs 和 Ds,以及一些可选参数如 delta_bias 和 delta_softplus。

在 selective_scan_easy 函数内部,首先定义了一个内部函数 selective_scan_chunk,该函数实现了选择性扫描的核心逻辑。它使用了张量运算来计算状态的更新和输出,涉及到对输入的逐步累加和矩阵乘法。具体来说,它利用了张量的逐步累加特性,通过时间增量和状态矩阵的乘法来计算当前状态和输出。

接下来,函数对输入数据进行了类型转换和形状调整,以确保它们符合预期的格式。然后,函数通过循环将输入数据分块处理,每次处理一个 chunksize 大小的块,以减少内存占用并提高计算效率。每次处理后,函数将输出结果合并并返回。

文件中还定义了一个 SelectiveScanEasy 类,继承自 torch.autograd.Function,用于实现自定义的前向和反向传播操作。该类中的 forward 方法实现了选择性扫描的前向计算,而 backward 方法则实现了反向传播,计算梯度以便进行模型训练。

此外,文件还包含了多个版本的选择性扫描函数(如 selective_scan_easyv2 和 selective_scan_easyv3),这些版本在实现上可能有细微的差别,旨在优化性能或适应不同的应用场景。

最后,文件使用 pytest 框架定义了一系列测试用例,以验证选择性扫描函数的正确性和性能。这些测试用例涵盖了不同的输入形状、数据类型和参数组合,确保函数在各种情况下都能正常工作。

总的来说,这个程序文件实现了一个高效的选择性扫描算法,并通过测试确保其功能的正确性,适用于深度学习和动态系统建模等领域。

10.4 attention.py
以下是保留的核心代码部分,并附上详细的中文注释:

import torch
from torch import nn

class EMA(nn.Module):
“”"
EMA (Exponential Moving Average) 模块,用于对输入特征进行加权平均。
“”"
def init(self, channels, factor=8):
super(EMA, self).init()
self.groups = factor # 将通道分成多个组
assert channels // self.groups > 0 # 确保每组至少有一个通道
self.softmax = nn.Softmax(-1) # Softmax 激活函数
self.agp = nn.AdaptiveAvgPool2d((1, 1)) # 自适应平均池化
self.pool_h = nn.AdaptiveAvgPool2d((None, 1)) # 对高度进行池化
self.pool_w = nn.AdaptiveAvgPool2d((1, None)) # 对宽度进行池化
self.gn = nn.GroupNorm(channels // self.groups, channels // self.groups) # 组归一化
self.conv1x1 = nn.Conv2d(channels // self.groups, channels // self.groups, kernel_size=1) # 1x1 卷积
self.conv3x3 = nn.Conv2d(channels // self.groups, channels // self.groups, kernel_size=3, padding=1) # 3x3 卷积

def forward(self, x):
    b, c, h, w = x.size()  # 获取输入的批量大小、通道数、高度和宽度
    group_x = x.reshape(b * self.groups, -1, h, w)  # 将输入重塑为 (b*g, c//g, h, w)
    x_h = self.pool_h(group_x)  # 对高度进行池化
    x_w = self.pool_w(group_x).permute(0, 1, 3, 2)  # 对宽度进行池化并转置
    hw = self.conv1x1(torch.cat([x_h, x_w], dim=2))  # 将高度和宽度的池化结果拼接并通过 1x1 卷积
    x_h, x_w = torch.split(hw, [h, w], dim=2)  # 将结果分回高度和宽度
    x1 = self.gn(group_x * x_h.sigmoid() * x_w.permute(0, 1, 3, 2).sigmoid())  # 通过组归一化处理
    x2 = self.conv3x3(group_x)  # 通过 3x3 卷积处理
    x11 = self.softmax(self.agp(x1).reshape(b * self.groups, -1, 1).permute(0, 2, 1))  # 计算 x1 的权重
    x12 = x2.reshape(b * self.groups, c // self.groups, -1)  # 重塑 x2
    x21 = self.softmax(self.agp(x2).reshape(b * self.groups, -1, 1).permute(0, 2, 1))  # 计算 x2 的权重
    x22 = x1.reshape(b * self.groups, c // self.groups, -1)  # 重塑 x1
    weights = (torch.matmul(x11, x12) + torch.matmul(x21, x22)).reshape(b * self.groups, 1, h, w)  # 计算最终权重
    return (group_x * weights.sigmoid()).reshape(b, c, h, w)  # 应用权重并重塑回原始形状

class SimAM(nn.Module):
“”"
SimAM (Similarity Attention Module) 模块,用于计算相似性注意力。
“”"
def init(self, e_lambda=1e-4):
super(SimAM, self).init()
self.activaton = nn.Sigmoid() # Sigmoid 激活函数
self.e_lambda = e_lambda # 正则化参数

def forward(self, x):
    b, c, h, w = x.size()  # 获取输入的批量大小、通道数、高度和宽度
    n = w * h - 1  # 计算 n
    x_minus_mu_square = (x - x.mean(dim=[2, 3], keepdim=True)).pow(2)  # 计算每个元素与均值的平方差
    y = x_minus_mu_square / (4 * (x_minus_mu_square.sum(dim=[2, 3], keepdim=True) / n + self.e_lambda)) + 0.5  # 计算相似性
    return x * self.activaton(y)  # 返回加权后的输入

class SpatialGroupEnhance(nn.Module):
“”"
Spatial Group Enhance 模块,用于增强空间特征。
“”"
def init(self, groups=8):
super().init()
self.groups = groups # 组数
self.avg_pool = nn.AdaptiveAvgPool2d(1) # 自适应平均池化
self.weight = nn.Parameter(torch.zeros(1, groups, 1, 1)) # 权重参数
self.bias = nn.Parameter(torch.zeros(1, groups, 1, 1)) # 偏置参数
self.sig = nn.Sigmoid() # Sigmoid 激活函数
self.init_weights() # 初始化权重

def init_weights(self):
    for m in self.modules():
        if isinstance(m, nn.Conv2d):
            nn.init.kaiming_normal_(m.weight, mode='fan_out')  # Kaiming 正态初始化
            if m.bias is not None:
                nn.init.constant_(m.bias, 0)  # 偏置初始化为 0
        elif isinstance(m, nn.BatchNorm2d):
            nn.init.constant_(m.weight, 1)  # 批归一化权重初始化为 1
            nn.init.constant_(m.bias, 0)  # 偏置初始化为 0
        elif isinstance(m, nn.Linear):
            nn.init.normal_(m.weight, std=0.001)  # 线性层权重初始化
            if m.bias is not None:
                nn.init.constant_(m.bias, 0)  # 偏置初始化为 0

def forward(self, x):
    b, c, h, w = x.shape  # 获取输入的批量大小、通道数、高度和宽度
    x = x.view(b * self.groups, -1, h, w)  # 重塑输入
    xn = x * self.avg_pool(x)  # 计算增强特征
    xn = xn.sum(dim=1, keepdim=True)  # 求和
    t = xn.view(b * self.groups, -1)  # 重塑
    t = t - t.mean(dim=1, keepdim=True)  # 减去均值
    std = t.std(dim=1, keepdim=True) + 1e-5  # 计算标准差
    t = t / std  # 归一化
    t = t.view(b, self.groups, h, w)  # 重塑
    t = t * self.weight + self.bias  # 应用权重和偏置
    t = t.view(b * self.groups, 1, h, w)  # 重塑
    x = x * self.sig(t)  # 应用激活函数
    x = x.view(b, c, h, w)  # 重塑回原始形状
    return x

代码说明:
EMA:实现了指数移动平均的功能,通过对输入特征进行加权平均来增强特征的稳定性。
SimAM:计算相似性注意力,通过计算输入特征的均值和方差来调整特征的权重。
SpatialGroupEnhance:增强空间特征,通过自适应平均池化和 Sigmoid 激活函数来计算特征的权重并进行增强。
这些模块在深度学习模型中常用于特征增强和注意力机制,能够提高模型的表现。

这个程序文件 attention.py 是一个实现多种注意力机制的 PyTorch 模块,主要用于计算机视觉任务中的图像特征提取和增强。文件中包含了多个类,每个类实现了一种特定的注意力机制或相关功能。以下是对文件中主要内容的说明:

首先,文件导入了必要的库,包括 PyTorch、Torchvision 和一些自定义模块。然后定义了一个 all 列表,列出了该模块中可导出的类和函数。

接下来,定义了多个注意力机制的类:

EMA (Exponential Moving Average):该类实现了一种基于指数移动平均的注意力机制。它通过对输入特征进行分组、池化和卷积操作来生成注意力权重,从而增强特征。

SimAM (Similarity Attention Module):这是一个基于相似性的注意力模块,通过计算输入特征的均值和方差来生成注意力权重,并使用 Sigmoid 激活函数来调整输入特征。

SpatialGroupEnhance:该模块通过对输入特征进行空间分组增强,利用平均池化和卷积操作来生成增强特征。

TopkRouting:实现了一种可微分的 Top-k 路由机制,选择最相关的特征进行处理。

KVGather:用于根据路由索引和权重从键值对中选择特征。

QKVLinear:实现了查询、键和值的线性映射。

BiLevelRoutingAttention:这是一个双层路由注意力机制,结合了全局和局部注意力,使用多种卷积和池化操作来处理输入特征。

其他注意力模块:文件中还定义了许多其他注意力机制,如 CoordAtt、TripletAttention、BAMBlock、EfficientAttention、LSKBlock、SEAttention、CPCA、MPCA、deformable_LKA 等,每个模块都有其特定的实现和功能。

一些辅助类:如 h_sigmoid、h_swish、Flatten、ChannelAttention、SpatialAttention 等,这些类用于实现特定的激活函数、层归一化、通道注意力和空间注意力等功能。

整个文件的结构非常复杂,包含了多种注意力机制的实现,适用于不同的视觉任务。这些注意力机制通过增强特征表示,帮助模型更好地理解和处理图像数据。每个类的实现都注重细节,使用了多种深度学习技巧,如卷积、池化、激活函数和归一化等,以提高模型的性能和效率。

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