数据持久化：使用Docker部署MySQL需要将数据存储在Docker容器中，这意味着在删除容器时可能会导致数据丢失。为了解决这个问题，需要将数据存储在主机上或使用数据卷，这增加了一些复杂性。

性能问题：在Docker容器中运行MySQL会导致一些性能问题。例如，如果容器内存不足，MySQL可能会因为内存不足而崩溃。此外，Docker容器需要额外的虚拟化开销，这可能会导致MySQL在容器中运行的速度较慢。

安全问题：使用Docker部署MySQL可能会导致安全问题。例如，容器中的MySQL可能会受到容器逃逸攻击的威胁，因为容器中的其他进程可能会访问MySQL容器的文件系统。