转录组（transcriptome）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括 mRNA, lncRNA，small RNA 等，本文简要介绍常见的 mRNA 和 lncRNA 的分析内容，可以看到二者之间许多分析内容是相同的。

mRNA

初级分析

• 数据质控：去掉接头污染和低质量序列；分析批次效应；去除批次效应；

• 序列比对：统计测序深度及覆盖度

• 计算表达量：Raw counts / FPKM / TPM

• 变异检出：SNV / InDel / Fusion / 可变剪切

次级分析

• 表达量聚类热图

• 差异表达分析

• 基因集的富集分析

• 肿瘤免疫微环境（Cibersort/Timer）

• 蛋白质互作网络

• WGCNA

lncRNA

初级分析

• 数据质控：去掉接头污染和低质量序列；分析批次效应；去除批次效应；

• 序列比对：统计测序深度及覆盖度

• 计算表达量：Raw counts / FPKM / TPM

• 区分 mRNA 和 lncRNA

次级分析

• 表达量聚类热图

• 差异表达分析

• 基因集的富集分析

• Novo lncRNA 的发现

• lncRNA 靶标预测

• lncRNA-mRNA共表达分析

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