configure: error: “libxml not found”

R环境下，安装rtracklayer包时报错缺少XML，于是先手动安装XML包

# ERROR: dependencies ‘XML’, ‘restfulr’ are not available for package ‘rtracklayer’
> install.packages("XML")
# 报错
# configure: error: "libxml not found"
# ERROR: configuration failed for package ‘XML’
# * removing ‘/public/home/xuanjj/.conda/envs/R4.4/lib/R/library/XML’

首先，查看xml2的安装目录：

# 查看xml2是否在系统中，以及安装目录在哪里
xml2-config --cflags  # 输出结果根据不同用户的习惯，anaconda安装路径不同
# -I/public/home/xuan/miniconda3/include/libxml2 -I/public/home/xuan/miniconda3/include

locate xml2-config
# /public/apps/anaconda3/bin/xml2-config
# /public/apps/anaconda3/bin/xml2-config.bak
# /public/apps/anaconda3/lib/cmake/libxml2/libxml2-config.cmake
# /public/home/xuan/.conda/pkgs/libxml2-2.12.6-h232c23b_2/bin/xml2-config
# /public/apps/anaconda3/pkgs/libxml2-2.9.10-he19cac6_1/bin/xml2-config
# /public/apps/anaconda3/pkgs/libxml2-2.9.10-he19cac6_1/lib/cmake/libxml2/libxml2-config.cmake
# /public/apps/anaconda3/pkgs/libxml2-2.9.10-he19cac6_1/share/man/man1/xml2-config.1
# /public/apps/anaconda3/pkgs/libxslt-1.1.34-hc22bd24_0/bin/xml2-config.bak
# /public/apps/anaconda3/share/man/man1/xml2-config.1

也就是说，安装XML时，即使libxml2在系统环境变量中，但系统仍然无法在环境变量中识别到可用的libxml2，所以需要在安装XML之前，手动指定安装时libxml2的目录。

进入R，首先根据libxml2的目录，指定用户自身的libxml2目录，但是安装XML失败

> Sys.setenv(XML_CONFIG="/public/home/xuan/.conda/pkgs/libxml2-2.12.6-h232c23b_2/bin/xml2-config")
> install.packages("XML")

随后，修改成系统的libxml2路径，安装XML成功了，但不知道是什么原因（望解答）

> Sys.setenv(XML_CONFIG="/public/apps/anaconda3/bin/xml2-config")
> install.packages("XML")