asreml3r 和 asreml4r 多性状分析代码比较
代码比较：asreml4-r 多性状分析library(asreml)library(learnasreml)data("animalmodel.dat")data("animalmodel.ped")dat = animalmodel.datped = animalmodel.pedainv = ainverse(ped)# # asreml-3r# ainv = as...
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代码比较：
asreml4-r 多性状分析
library(asreml)
library(learnasreml)
data("animalmodel.dat")
data("animalmodel.ped")
dat = animalmodel.dat
ped = animalmodel.ped
ainv = ainverse(ped)
# # asreml-3r
# ainv = asreml.Ainverse(ped)$ginv
# mod2 = asreml(cbind(BWT,TARSUS) ~ trait + trait:(BYEAR + SEX),
# random = ~ us(trait):ped(ANIMAL), rcov = ~ units:us(trait),ginverse = list(ANIMAL=ainv),data=dat)
# summary(mod2)$varcomp
# asreml-4r
ainv = ainverse(ped)
mod2 = asreml(cbind(BWT,TARSUS) ~ trait + trait:(BYEAR + SEX),
random = ~ us(trait):vm(ANIMAL,ainv), residual = ~ units:us(trait),data=dat)
summary(mod2)$varcomp
# > summary(mod2)$varcomp
# component std.error z.ratio bound %ch
# trait:vm(ANIMAL, ainv)!trait_BWT:BWT 1.9417792 0.8365922 2.3210581 P 0
# trait:vm(ANIMAL, ainv)!trait_TARSUS:BWT 0.4184358 1.7181107 0.2435441 P 0
# trait:vm(ANIMAL, ainv)!trait_TARSUS:TARSUS 4.0107722 5.6189006 0.7138002 P 0
# units:trait!R 1.0000000 NA NA F 0
# units:trait!trait_BWT:BWT 11.7569097 0.9033637 13.0145915 P 0
# units:trait!trait_TARSUS:BWT 23.0052412 2.0853874 11.0316390 P 0
# units:trait!trait_TARSUS:TARSUS 112.6615128 7.3115352 15.4087356 P 0
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