写在前面

) ~, a8 Z  y1 F8 g  y; Y0 M% P5 b9 }' n# Q7 S; j$ y! f

知道我的朋友，相信都有了解，元旦假期某晚凌晨，我突发起来，折腾了一个困扰我很久很久的问题，并解决了他。

; ~+ I3 \6 ]1 L/ F2015年，TBtools 开发之前，我写过一个 Blast3GO，主要用于 GO 注释，富集分析以及可视化。Blast3GO 实现的这些功能，基本都是调用环境中的 R，于是存在四大问题：

! ~3 ^2 c5 q* Q4 U8 d5 v( D/ |# R; V/ z" k1 G

依赖用户环境中的 R语言，换句话说，要求用户自己安装 R

" z" w' r3 G2 c3 w1 o8 X

存在破坏用户原有 R 语言环境的可能: P, }3 ?$ N3 y8 ?/ k$ K' Y4 n

无法实现绝对的版本控制，以至于无法保证用户体验

2 x" h+ L' `3 O4 t+ B: e

确实不稳定....

4 m3 w" i' W: R5 a* V- C这些经历，使得我在开发 TBtools 之后，追求绝对纯粹的 Java 实现。于是 TBtools 得以获得某种程度的 便携，简单，简洁，高效。为了解决可视化问题，我自己从零实现了一个绘图引擎，也就是大伙知道的 JIGplot，并一直坚持优化。所以，我一直不想去打包任何可以不打包的软件，更希望自己实现。

9 N) p2 f6 K& M然而，几年过去了，我越来发现，每个人的时间，精力是绝对有限的。我可以自己写很多功能，却无法做到绝对的全面，比如转录组数据分析中的差异表达分析。我们几乎可以下个结论，几乎全部差异表达分析软件，都是 R 包(尽管大伙还是知道有 gfold 的)。于是，我只有两个选择：/ |6 k9 Q7 q7 _: R' u" i

( t* y4 D3 c5 K# o2 \

自己写，这个不可能，也没有意义，毕竟这个轮子造起来也不一定能得到认可，他不比可视化

' Q4 ?2 ^, ^9 d) A

打包 R，windows下很简单，但是 macOS 呢？TBtools 至少有 10% 的用户是 MacOS 用户% D, E/ }* _5 f我希望的是 TBtools 继续保持他的跨平台，所以所有功能都是至少支持 windows + MacOS。可以说，元旦假期，我所有抽得出来的时间，加上我在过去一两年，尝试失败，再尝试再失败，还尝试还失败，继续尝试，继续失败的数次，得到的就是一个简单的东西。TBtools 的新插件“Rserver”。- y! O- Y6 U. D+ y" I7 o

插曲 - 更新 TBtools 版本, {, d. d( O5 z6 B7 ~/ ]& w

2 p1 {5 q, c. k2 N11月底，去版纳植物园做了一场 TBtools 培训，培训期间发现，TBtools 的插件安装存在两个优化的点：2 e& W# b/ q7 ~" b

1 q1 V2 H" K/ }4 R; ^, w

MacOS 的插件选择界面，拖拽面板还是遮挡了文件选择面板，这块之前在邵扬的提醒和帮助下，原本是修复的，只是....代码忘记启动。改动前

9 w8 M7 w+ Q5 R! E  Z! Z0 ]5 ?% I6 E& \: A

3 X$ D( k" }$ ~  k

TBtools 插件分为两类：小插件，无依赖，仅.jar文件。对于小插件，除非用户确实没事做，回去解压出来(尽管也没啥用)，否则都是顺利安装；大插件，有依赖，于是我一般打包成.zip文件，然而还是存在不少人习惯性解压缩，最后导致插件没有完整安装。这不是好事。但可以理解，毕竟，任何人看到压缩包(尤其是图标对应上了)的第一反应是解压缩。改动前，

6 y! ?8 u, u9 ^2 _3 p1 l/ W! ?* i0 k2 Z) \6 B

5 y' _/ ?/ o& n0 c9 \8 s" K针对这两点，我做了优化。首先是 MacOS 的插件安装面板代码生效；% k& o# ~3 {# `" b) q

- b. |1 o8 h# U* K% ]其次是进一步支持了难以被自动识别的文件后缀.plugin....这样我相信就不会被解压缩了...

* C4 q1 i) j8 u+ q, K, ^% S

; X; r7 C( H: S! ?# VRserver 插件的安装; H0 c2 |' M6 s1 W

* F' b% a5 \: H2 f目前这个插件已经释放到所有 TBtools 使用交流群(1-7，Emmm，数了一下，又回复到之前的状态，不过现在大伙都实名了，我相信应该好得多)。直接在群共享下载最新版本的 TBtools_JRE1.6.jar，这个 jar。更新到 TBtools v1.074。当然，如果你不更新，那就记得下载 Rserver.zip，反正主程序跟插件耦合程度极低。

( [7 K8 Z. `4 A/ D  F9 XOK，拿到这个插件。就可以安装。首先打开 TBtoolsG. a: x3 e6 _% U- x8 ^& g& x

/ d4 O/ ^5 b1 y

- f, _% I9 p. y' |9 J8 G

找到插件安装位置，点击Install Plugin+ A& A. S. y& S5 z

( V; h5 P: g2 D3 x# k+ R# L. ^% f拖拽放置，或直接文本选择摁钮选择之后，点击打开，稍等一会即可(插件较大，大概180+Mb，Windows 和 MacOS 用户通用一个插件！)。

3 K- E- _/ C& m2 a0 Y

! z8 |/ k$ C* W: U# D/ V' y

插件的使用" c0 @. T4 \& y# Y; o

+ I0 S) m3 r8 Q; F# v8 R; WRserver 插件，我原本想做的只是一个差异表达分析插件，但从插件的体积来看，这样并不合适。毕竟以后任何人愿意贡献出 R语言 脚本的，都可以制备成 TBtools 插件并分发。于是，我调整计划，直接将 Rserver 插件作为一个将会被其他所有 R脚本 插件所依赖的插件来开发。完美。这样我只需要细调测试插件即可(注意到，尽管我们有1w+人的社群，但我只召集到不超过20个 MacOS 用户帮忙测试；windows不用)。

# b0 }! i* K0 G' w. b3 w% z) g3 Y使用插件非常简单，首先是打开插件

. }$ ]) J6 S) c$ ^# e4 K8 T( L8 ]' p( b' V$ D3 j

! F: r+ m3 K  ~& W& |; K$ [设置一个输出目录，其他均不设置，这样会启动 Rserver 插件的测试脚本。, a- k8 k/ P* i

. Y" ~9 ^# f% b

如此，点击Start之后，输出目录会生成一个Rplot.pdf文件。稍微知道 R 使用的人就会清楚。只要没设置绘图文件路径，同时又在命令行运行，那么 R 会直接保存一个文件到 Rplot.pdf。打开这个文件，即可看到) c# m. N/ i+ D! ]

3 d. v2 U' ^3 e3 m- `+ F# }当然，加入你填入了一段 R 脚本，比如( ^$ V6 |, _  z) e3 P

https://www.rdocumentation.org/packages/stats/versions/3.6.2/topics/p.adjust网页上的这段代码(邵扬提到的)...

6 [) G! E& m/ \% H- w5 g( ?. Cu1 A/ G% K, A3 b, c) B7 E! j

K" ]/ W$ ]3 |  T& f

输出结果如下

7 f: T! p5 s# D& V

0 W9 R) A1 O- X2 g8 E% N. Q' f3 H当然，你可以检测和安装一个R包(比如大家都爱的ggplot2)

: R' P9 r5 H! s3 a  V% h5 r" ]

6 |  u% m# [5 m3 y5 Y& A9 L于是你会得到2 ^4 |; D2 I$ J' v, k: g& [. I- e

: d9 j* [  Z5 t2 ]  V, @

关于拓展

. M# `5 q8 b  ]7 W* o5 u, v- U; V

我们完全可以预见这个插件将会带来的功能绝对拓展：0 [5 o4 y6 d$ i4 C

9 _. Y1 s( R; Z, d

只要一个 TBtools 用户能跑的 R码，换另一个 TBtools 用户，一样能跑，因为平台完全固定

: p! U$ l  l! Y  R; I4 B4 m

对于 R脚本来说，绝大多数用户进行修改的，往往只是输入输出文件，这点完全可以通过 TBtools 快速打一个 GUI 界面()

* c8 M" ?" J: A$ T' S

Rserver 插件也直接支持用户原始的 R脚本代码，换句话说，可以写 R包依赖检测与安装，可以直接在代码中设置输入输出文件或目录.... 甚至可以.....

0 F6 T5 A/ ^* Y" R+ H) D" ^写在后面

4 o, E* C3 [; m0 ?) S

# \: ^! ^" W7 K昨晚我陪吴老师看了一场电影。这是两年来我们第一次能抽出时间看的一场完整的电影(尽管票价不低，35一张)。卡通电影还不错，最近似乎有点火的，《心灵奇旅》。从我的角度来看，这部电影传达一个理念或许就是：享受生活，活在当下。

, d8 i% R0 B* _! e. h当然，这并不太准确。我们讨论了一会，多少让我想起了我似乎从小学就开始在思考的问题。即，4 K) z9 Z8 L- e/ M3 Q5 u" R" R

活着，为了什么？当然沈从文在《我与地坛》给出了一个不错的答案死是一件不必急于求成的事。

8 B6 t6 S0 `* }+ B7 l& m7 S这段时间一直在路上，或许人生就是在路上。

, U- u, @2 T$ F" x/ K《心灵奇旅》一条主线，演绎了两类人：

& T+ C3 a3 g' z: z0 `7 i3 P  Q6 N: |, c* n! w$ ^, \# J$ S

人生中只有目标1 J5 n: ], g9 ~- ?0 q

人生中毫无目标& H5 p4 R1 @$ |) M% o3 Z当然，什么才是人生目标？就不剧透了，大伙感兴趣的可以看看。: c. }" H3 P/ M

回到主题。8 h& s& Y+ S$ |! p5 C8 V

关于 TBtools 的开发，尽管我一直有源源不断的新的开发想法，但如果说我马上进入工作，无法在其上投入过多。那么我会留下的只有两个遗憾：0 ^. m3 O2 a1 n1 {

& X+ h6 C7 a; `7 z6 q

我希望能提供一个可能，TBtools 用户能够在相互分享 TBtools 相关的内容，以前我想过是卡通热图，后来...总之一直想一直失败，但现在，我想 Rserver 插件马上会提供这个可能。

: s3 {' N9 _& M6 E

我写过 EasyGUI 或 AutoGUI，这两个实现和想法，我一直没有放下，然而他们似乎并无用武之地 。但现在不会了，我相信很快，这些想法也会用上。# X. @8 X3 C7 G, ~2 n有时候，或许从技术层面来说，你学过的想过的每一个点，都可能不会是白费功夫。* M: K& x, ~0 R  i# d) r% ^

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