单细胞数据可视化---Dotplot个性化修饰的一个简单小例子

这里分享一种单细胞数据可视化的图形修饰。先加载一个seurat公共的单细胞数据集InstallData("pbmc3k")data("pbmc3k")PBMC <- pbmc3k.finalPBMC = UpdateSeuratObject(object = PBMC)一般展示marker基因用这种点图：Markers <- c('AGER','SCGB3A2','TPPP3','CD

TS的美梦

10021人浏览 · 2021-12-08 12:53:53

TS的美梦 · 2021-12-08 12:53:53 发布

这里分享一种单细胞数据可视化的图形修饰。

先加载一个seurat公共的单细胞数据集

InstallData("pbmc3k")
data("pbmc3k")
PBMC <- pbmc3k.final
PBMC = UpdateSeuratObject(object = PBMC)

一般展示marker基因用这种点图：

Markers <- c('AGER','SCGB3A2','TPPP3','CD68','FCN1','CD1C','CD14','MARCO',
             'CXCR2','IL3RA','CD3D','CD8A','KLRF1','CD79A','MS4A1','S100A8')
DotPlot(PBMC, features = Markers)