探序基因肿瘤研究院 整理

建议对每个样本来源的细胞，前缀都加上样本名，方便识别。例如：
PT1_Tumor_AACCGCGCATGGTTGT-1，PT1_Tumor_ACAGCCGTCAAGCCTA-1，...

假设细胞名，按 "_"下划线符号对细胞名进行分割注释，第一个为样本名，第二个为来源，第三个为10x试剂盒给的barcode编号。

假设ASeurat变量为单细胞矩阵通过创建Seurat对象后处理好的单细胞转录组数据结构。

单细胞Seurat数据结构的meta.data部分，就是一个表格，描述了细胞各种信息。在ASeurat@meta.data这个位置。

colnames(ASeurat@meta.data) 命令运行后，可以看到表格有哪些列：

> colnames(ASeurat@meta.data)
[1] "orig.ident"      "nCount_RNA"      "nFeature_RNA"    "percent.mito"   
[5] "RNA_snn_res.1"   "seurat_clusters"

对这个表格进行处理，比如增加新列就实现了对细胞进行注释。

例1：标注每个细胞是哪个病人来源的

Allcells <- rownames(ASeurat@meta.data)
SList <- c()
for(i in Allcells)
{
  temp <- strsplit(i,split="_")
  PatName <- temp[[1]][1]
  SList <- c(SList,PatName)
}
ASeurat@meta.data$PatName <- SList