安装开源的PyMOL (open-source)

PyMOL是一款用于可视化生物分子结构的强大工具，广泛用于生物化学、结构生物学、药物设计和分子动力学等领域。以下是开源PyMOL软件的安装流程。

1. 依赖的Python环境

安装pymol之前必须安装python，为了方便安装其依赖的包，会使用到conda和pip。

2. 依赖的包

安装PyMOL前，首先检查一下是否自己的环境中是否安装了numpy、mkl、PMW。

• numpy：使用conda 安装

conda install numpy

• mkl ：使用conda 安装

conda install mkl

• PMW：pip安装.whl文件

下载Pmw‑2.0.1‑py3‑none‑any.whl文件
安装步骤：

pip install Pmw‑2.0.1‑py3‑none‑any.whl

3. 安装PyMOL

• 下载开源的PyMOL: pymol-open-source

加州大学的网站中包含了支持多种版本的python（2.7和3.0）和32位和64位操作系统的PyMOL的whl格式包，可根据自身机器的环境选择。

• 我安装的版本是：pymol‑2.5.0a0‑cp37‑cp37m‑win_amd64.whl
• 安装步骤：

pip install pymol‑2.5.0a0‑cp37‑cp37m‑win_amd64.whl

最后，启动Anaconda prompt，输入pymol就可以直接使用了。