iMeta典型文章系列讲座九

ggClusterNet在微生物组网络分析中的应用

01

报告人简介

文涛

南京农业大学

文涛，博士毕业于南京农业大学，目前在南京农业大学沈其荣院士课题组任钟山青年研究员。在Nature Communications, ISME J, Microbiome,  Protein&Cell, New Phytologist, iMeta, Fundamental Research等期刊上发表了多篇文章。主持国家自然基金青年基金，中国博士后创新人才支持计划，江苏省青年基金等项目。开发了ggClusterNet, EasyMultiOmics等R包, Easyamplicon, EasymetaPro2等组学分析流程。iMeta期刊青年编委。研究方向主要有土传病害微生物群落演化过程中的植物微生物互作过程；土壤微生物群落功能分配与分工；以及环境多组学与人体健康

02

报告内容

网络分析逐渐被生态学家们重视并持续应用于生态学领域，开发更为强大和方便的网络分析工具十分必要。因此，我们开发了名为ggClusterNet的R包，用于更加容易的进行网络数据分析挖掘和可视化。在ggClusterNet包中设计了数十种网络布局算法用于更好的展示微生物网络模块化信息（randomClusterG, PolygonClus-terG, PolygonRrClusterG, ArtifCluster, randSNEClusterG, PolygonModsquar-eG, PolyRdmNotdCirG, model_Gephi.2, model_igraph, model_maptree）。为了方便研究者使用，设计了多种微生物网络数据挖掘功能，例如相关性计算corMicor()，网络属性计算net_properties()，节点属性计算node_properties()，随机网络计算和比对random_Net_compate()。为了更加快捷挖掘网络，进一步将这些功能封装整合成两个函数network.2() 和 corBionetwork()，分别用于微生物网络数据挖掘和跨域网络数据挖掘。目前，ggClusterNet在GitHub: https://github.com/taowenmicro/ggClusterNet/ ，Gitee（https://gitee.com/wentaomicro/ggClusterNet）上开放使用。完整的说明和示例在wiki页面可以阅读。

相关文章链接：iMeta | ggClusterNet微生物网络分析和可视化保姆级教程

03

报告时间和链接

报告时间：2024年6月5日 星期三 20:00

腾讯会议：894-6678-1896

会议链接：https://meeting.tencent.com/dm/pqpprRSMExHr

注意事项：腾讯会议室有100人限制，人满请扫描海报右上角二维码观看直播

更多推荐

（▼ 点击跳转）

高引文章 ▸▸▸▸

iMeta | 引用7000+，海普洛斯陈实富发布新版fastp，更快更好地处理FASTQ数据

高引文章 ▸▸▸▸

iMeta | 德国国家肿瘤中心顾祖光发表复杂热图(ComplexHeatmap)可视化方法

高引文章▸▸▸▸

iMeta | 高颜值绘图网站imageGP+视频教程合集                                        

1卷1期

1卷2期

1卷3期

1卷4期

2卷1期

2卷2期

2卷3期

2卷4期

3卷1期

2卷2期封底

2卷4期封底

3卷2期

期刊简介

“iMeta” 是由威立、肠菌分会和本领域数百位华人科学家合作出版的开放获取期刊，主编由中科院微生物所刘双江研究员和荷兰格罗宁根大学傅静远教授担任。目的是发表原创研究、方法和综述以促进宏基因组学、微生物组和生物信息学发展。目标是发表前10%(IF > 20)的高影响力论文。期刊特色包括视频投稿、可重复分析、图片打磨、青年编委、50万用户的社交媒体宣传等。2022年2月正式创刊发行！目前期刊已经被ESCI、Scopus等数据库收录。

联系我们

iMeta主页：

http://www.imeta.science

姊妹刊iMetaOmics主页：

http://www.imeta.science/imetaomics/

出版社iMeta主页：

https://onlinelibrary.wiley.com/journal/2770596x

出版社iMetaOmics主页：

https://onlinelibrary.wiley.com/journal/29969514

iMeta投稿：

https://wiley.atyponrex.com/journal/IMT2

iMetaOmics投稿：

https://wiley.atyponrex.com/journal/IMO2

邮箱：

office@imeta.science