动态规划算法求解最长公共子序列
动态规划算法是运筹学中求解多阶段决策问题的经典算法,本文将介绍动态规划算法的基本思想,并介绍如何使用动态规划算法求解最长公共子序列问题。
动态规划算法是运筹学中求解多阶段决策问题的经典算法,本文将介绍动态规划算法的基本思想,并介绍如何使用动态规划算法求解最长公共子序列问题。
1. 动态规划算法的基本思想
动态规划算法本质也是基于分治思想,将待求解问题分解成若干个子问题。但是传统的分治法经分解得到的子问题往往不是相互独立的,因此在分治法求解的过程中有些子问题会被重复计算多次,这种冗余计算使得算法的时间复杂度增大。
那么我们很自然地会想到,可以用空间换时间,如果 把已解决的子问题的答案保存在表格中,再次需要时从表格中查找已经求解的答案,就可以避免大量的重复计算 ,这就是动态规划算法。
下面我们通过最长公共子序列问题的求解,进一步了解动态规划算法在实际应用中如何实现。
2. 最长公共子序列(LCS)问题
2.1 子序列定义
给定序列X={x1,x2,…,xm}X=\{x_1, x_2, … ,x_m\}X={x1,x2,…,xm},若序列Z={z1,z2,…,zk}Z=\{z_1, z_2, …, z_k\}Z={z1,z2,…,zk}是XXX的子序列,则存在一个严格递增下标序列{i1,i2,…,ik}\{i_1, i_2, …, i_k\}{i1,i2,…,ik},使得对于所有j=1,2,…,kj=1, 2, … ,kj=1,2,…,k,有zj=xijz_j={x_i}_{j}zj=xij。
例如:序列Z={B,C,D,A}Z=\{B,C,D,A\}Z={B,C,D,A}是序列X={A,B,C,B,D,A,B}X=\{A,B,C,B,D,A,B\}X={A,B,C,B,D,A,B}的子序列,相应的递增下标序列为{2,3,5,6}\{2,3,5,6\}{2,3,5,6}。
给定2个序列X={x1,x2,…,xm}X=\{x_1, x_2, … ,x_m\}X={x1,x2,…,xm}和Y={y1,y2,…,yn}Y=\{y_1, y_2, … ,y_n\}Y={y1,y2,…,yn},若另一序列ZZZ既是XXX的子序列又是YYY的子序列,则称ZZZ是序列XXX和YYY的公共子序列,最大长度的ZZZ即为XXX和YYY的最长公共子序列(LCS)。
2.2 LCS的子问题与数据结构设计
求XXX和YYY的LCS可分解为2种情况:
- 如果xm=ynx_m=y_nxm=yn,那么求Xm−1X_{m-1}Xm−1和Yn−1Y_{n-1}Yn−1的LCS。
- 如果xm≠ynx_m \neq y_nxm=yn,那么求Xm−1X_{m-1}Xm−1和YYY的LCS,求XXX和Yn−1Y_{n-1}Yn−1的LCS,取两者中的最大的。
因此,将c[i, j]定义为XiX_iXi和YjY_jYj的LCS长度,i=0∼mi=0 \sim mi=0∼m,j=0∼nj=0 \sim nj=0∼n:
c[i][j]={0i=0,j=0c[i−1][j−1]+1i,j>0;xi=yjmaxc[i][j−1],c[i−1][j]i,j>0;xi≠yjc[i][j]=\left\{\begin{matrix} 0 & i=0,j=0 \\ c[i-1][j-1] + 1 & i,j>0;x_i=y_j \\ \max{c[i][j-1], c[i-1][j]} & i,j>0;x_i \neq y_j \end{matrix}\right.c[i][j]=⎩ ⎨ ⎧0c[i−1][j−1]+1maxc[i][j−1],c[i−1][j]i=0,j=0i,j>0;xi=yji,j>0;xi=yj
3. 程序代码
下面我们用C++对上述递归式进行代码实现,首先使用lcs.cpp找出一个LCS,在此基础上再扩展到lcs_all.cpp找出全部LCS。
3.1 lcs.cpp(找出一个LCS)
lcs.cpp按照《算法导论》一书上的伪代码改编而成,在书中伪代码的基础上,实现了不用表b,只用表c来完成找出最大公共子序列的任务。因为每个c[i][j]只依赖于c[i−1][j]、c[i][j−1]、c[i−1][j−1]三项,当给定c[i][j]时,我们可以在O(1)O(1)O(1)的时间内判定出c[i][j]是使用了三项中的哪一项。从而节约了Θ(mn)\Theta(mn)Θ(mn)的空间。需要注意的是:如果两个字符串存在多个LCS时,按照书中伪代码实现的lcs.cpp只能输出其中一个LCS。
//动态规划求解并输出其中一个LCS
#include <iostream>
#include <string>
using namespace std;
int max(int a, int b) { //返回a,b中值较大的元素
return (a > b) ? a : b;
}
int lcs_length(string sx, string sy, int **c) { //动态规划计算LCS的长度
int xlen = sx.length();
int ylen = sy.length();
//c[i][j]记录sx[i]与sy[j]的LCS的长度
for (int i = 0; i < xlen + 1; i++) {
for (int j = 0; j < ylen + 1; j++) {
if (i == 0 || j == 0) { //情形1:i = 0或j = 0;
c[i][j] = 0;
}
else if (sx[i - 1] == sy[j - 1]) { //情形2:i, j > 0且sx[i-1] = sy[j-1]
c[i][j] = c[i - 1][j - 1] + 1;
}
else { //情形3:i, j > 0且sx[i-1] != sy[j-1]
c[i][j] = max(c[i][j - 1], c[i - 1][j]);
}
}
}
return c[xlen][ylen];
}
void print_lcs(int **c, string sx, int i, int j, string &s) { //递归将sx与sy的一个LCS赋值给字符串s
if (i == 0 || j == 0) { //对应lcs_length()中的情形1
return;
}
if (c[i][j] == c[i - 1][j]) { //对应lcs_length()中的情形3
print_lcs(c, sx, i - 1, j, s);
}
else if (c[i][j] == c[i][j - 1]) { //对应lcs_length()中的情形3
print_lcs(c, sx, i, j - 1, s);
}
else { //对应lcs_length()中的情形2
print_lcs(c, sx, i - 1, j - 1, s);
s += sx[i - 1];
}
}
int main() {
string sx, sy;
cout << "Please enter the string x and the string y:" << endl;
cout << "sx: ";
cin >> sx;
cout << "sy: ";
cin >> sy;
int xlen = sx.length();
int ylen = sy.length();
int **c = new int *[xlen + 1]; //为动态规划表开空间
for (int i = 0; i < xlen + 1; i++) {
c[i] = new int [ylen + 1];
}
int maxlen = lcs_length(sx, sy, c);
cout << "The length of LCS is " << maxlen << endl;
string s;
print_lcs(c, sx, xlen, ylen, s);
cout << "The LCS of sx and sy is: " << s << endl;
for (int i = 0; i < xlen + 1; i++) { //释放占用的空间
delete[]c[i];
}
delete[]c;
return 0;
}
3.2 lcs_all.cpp(找出全部LCS)
为了输出全部的LCS,我对lcs.cpp中的print_lcs函数进行了改进,改进后的代码见lcs_all.cpp。在lcs_all.cpp中,我从动态规划表右下角开始回溯,直到到达表的上边界或左边界停止。若sx[i-1]=sy[j-1],则把这个字符放入最长公共子序列中;若sx[i-1] != sy[j-1],则比较c[i-1][j]和c[i][j-1]的值,跳入值较大的继续进行判断;若c[i-1][j] == c[i][j-1],说明最长公共子序列有多个,两边都要进行回溯。最后将所有的LCS都保存在set中。需要注意的是:当字符串过长时,由于回溯范围过广,输出全部的LCS耗时很长。
//动态规划求解并输出所有的LCS
#include <iostream>
#include <string>
#include <set>
using namespace std;
set<string> lcsSet; //将所有的lcs保存在set中
int max(int a, int b) { //返回a,b中值较大的元素
return (a > b) ? a : b;
}
int lcs_length(string sx, string sy, int **c) { //动态规划计算LCS的长度
int xlen = sx.length();
int ylen = sy.length();
//c[i][j]记录sx[i]与sy[j]的LCS的长度
for (int i = 0; i < xlen + 1; i++) {
for (int j = 0; j < ylen + 1; j++) {
if (i == 0 || j == 0) { //情形1:i = 0或j = 0;
c[i][j] = 0;
}
else if (sx[i - 1] == sy[j - 1]) { //情形2:i, j > 0且sx[i-1] = sy[j-1]
c[i][j] = c[i - 1][j - 1] + 1;
}
else { //情形3:i, j > 0且sx[i-1] != sy[j-1]
c[i][j] = max(c[i][j - 1], c[i - 1][j]);
}
}
}
return c[xlen][ylen];
}
string reverse(string s) { //将字符串s逆序
int low = 0;
int high = s.length() - 1;
while (low < high) {
char temp = s[low]; //交换字符串最低位和最高位
s[low] = s[high];
s[high] = temp;
low++;
high--;
}
return s;
}
void print_lcs(int **c, string sx, string sy, int i, int j, string s) { //根据动态规划表回溯
while (i > 0 && j > 0) { //从动态规划表最右下角开始回溯,直至到达i或j小于等于0为止
if (sx[i - 1] == sy[j - 1]) { //若sx[i-1] == sy[j-1],则把这个字符放入LCS中
s += sx[i - 1];
i--;
j--;
}
else { //若sx[i-1] != sy[j-1],则比较c[i-1][j]和c[i][j-1]的值,跳入值较大的继续进行判断
if (c[i - 1][j] > c[i][j - 1]) {
i--;
}
else if (c[i - 1][j] < c[i][j - 1]) {
j--;
}
else { //若c[i-1][j] == c[i][j-1],说明最长公共子序列有多个,两边都要进行回溯
print_lcs(c, sx, sy, i-1, j, s);
print_lcs(c, sx, sy, i, j-1, s);
return;
}
}
}
lcsSet.insert(reverse(s)); //将字符串s逆序放入集合lcsSet中
}
int main() {
string sx, sy;
cout << "Please enter the string x and the string y:" << endl;
cout << "sx: ";
cin >> sx;
cout << "sy: ";
cin >> sy;
int xlen = sx.length();
int ylen = sy.length();
int **c = new int *[xlen + 1]; //为动态规划表开空间
for (int i = 0; i < xlen + 1; i++) {
c[i] = new int [ylen + 1];
}
int maxlen = lcs_length(sx, sy, c);
cout << "The length of LCS is " << maxlen << endl;
string s;
print_lcs(c, sx, sy, xlen, ylen, s);
cout << "The LCS of sx and sy is: " << endl;
set<string>::iterator iter = lcsSet.begin();
for (; iter != lcsSet.end(); iter++) {
cout << *iter << endl;
}
for (int i = 0; i < xlen + 1; i++) { //释放占用的空间
delete[]c[i];
}
delete[]c;
return 0;
}
4. 运行结果
使用lcs.cpp与lcs_all.cpp时,用户需输入字符串sx和字符串sy,按下回车键,程序会输出sx和sy的LCS的长度以及LCS字符串。
4.1 lcs.cpp
- sx:ABCBDAB
sy:BDCABA
lcs:BCBA(长度为4)
-
sx:1A2C3D4B56
sy:B1D23CA45B6A
lcs:12C4B6(长度为6)
-
sx:aabbbbeeeeeeeeeeddddddkktylmnqqqqqqtiunmsfg
sy:abeffffffffttttttkkkkddddddrsunnspqtrmma
lcs:abeddddddnqtm(长度为13)
4.2 lcs_all.cpp
-
sx:ABCBDAB
sy:BDCABA
lcs:(长度为4)
BCAB
BCBA
BDAB
-
sx:1A2C3D4B56
sy:B1D23CA45B6A
lcs:(长度为6)
123456
1234B6
12C456
12C4B6
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